Structuré en trois parties, le guide propose des préconisations de suivi dans le cadre d'opérations de restauration hydromorphologique en cours d'eau. La partie A est dédiée au contexte général, à la définition du suivi, des différentes échelles et de la chronologie du suivi, et au processus de bancarisation des données. La partie B se présente sous la forme de fiches par type d'opération de restauration hydromorphologique, détaillant le suivi à mettre en place. La partie C détaille les différents protocoles à mettre en place et propose des éléments d'interprétation.
Le suivi proposé peut être mis en place sur des cours d'eau permanents, de largeur mouillée d'au moins 1 m et prospectables à pied (hors emprise d'une retenue). Ces restrictions sont liées aux limites d'application des différents protocoles.